لقد ارتبط الشهيد في فترة إقامته في قم بالعديد من المجموعات الطلابية التي كان لها نشاط سياسي ضد النظام البهلوي، ومنها " فدائيين إسلام". وقد تضافرت العوامل التي أدت الى خروج الشهيد من قم متوجهاً الى العاصمة، ليجد فيها البيئة المفتوحة على جميع الأفكار والتيارات الثقافية، والفرصة السانحة من أجل العمل على نشر المبادئ الإسلامية الأصيلة. فبهجرته إلى طهران بدأ فصل جديد في أمر الموعظة والتبليغ، حيث تطرق شخصياً لإلقاء المحاضرات وتبليغ الدين -وهو مجتهد مسلّم به- ونعى شخصية أبا عبد الله الحسين (ع) وقرأ مقتله، وقام بتدريس العقليات في مدرسة مروي، ومن ثم انتقل -بعد أن سنحت له الفرصة في الانتساب الى الجامعة كمدرس للفلسفة- الى الجامعة كأستاذ في قسم الفلسفة والالهيات . وفي الجامعة - التي كانت الميدان التي انتشرت فيه الأفكار المادية بشكل كبير- انبرى الشهيد للتصدي لهذه الأفكار عبر طرح المفاهيم الدينية بكل جرأة وصراحة، من خلال نظرة جديدة للفكر الديني على ضوء النقوض والاعتراضات التي وجهت اليه.

"لقد خاض بقوته الفكرية وآرائه المتينة الصائبة في ميادين لم يكن قد خاض فيها أحد على صعيد القضايا الإسلامية حتى ذلك الحين. ودخل في تحديات علمية عميقة وواسعة ومفتوحة مع الأفكار التي شاعت أو كادت تشيع في البلاد يومذاك... الأفكار المستوردة المترجمة عن الغرب والشرق. خاض جهادًا على درجة عالية من الفطنة والذكاء في جبهة مواجهة الماركسية، وكذلك في جبهة مواجهة الأفكار الغربية والليبرالية. هذا دور مهم جدًا يحتاج إلى جرأة وثقة بالنفس، وكذلك إلى قدرات فكرية واجتهادية في الميادين المختلفة، وإلى يقين وإيمان قاطع في الوقت نفسه؛ وقد توفرت كل هذه العناصر سوية في ذلك الرجل الكبير؛ فقد كان عالمًا، ومؤمنًا شديد الإيمان، وشخصًا متيقنًا من إيمانه، وكانت له ثقته بنفسه؛ هذه عناصر ضرورية".وقد تشكلت حول الشهيد مجموعة من المثقفين الذين يتبنون الخطاب الإسلامي، وقد أسسوا معاً "حسينية إرشاد" التي ذاع صيتها بشكل كبير في الطبقة المثقفة التي كانت تتواجد بشكل كبير ضمن فاعليات الحسينية، وقد عالج الشهيد وبكل جرأة الكثير من المواضيع الفكرية والثقافية من خلال رؤية دينية عميقة، شكلت النواة للكثير من الكتب التي كتبها"إن كتبه لا تزال حتى بعد خمسة وعشرين عامًا من استشهاده من أوسع الكتب مبيعًا وأكثرها جاذبية وإقبالاً لدى الجيل الباحث عن الأفكار الإسلامية الرصينة المنطقية، وليس لدينا الآن في الحقيقة بديلاً ومثيلاً لمجموعة كتب الشهيد مطهري (رضوان الله تعالى عليه)"، فضلاً عن المحاضرات العديدة التي يعمل على توثيقها ونشرها ضمن مؤلفات الشهيد.

ومع اشتعال جذوة الثورة، ونفي الإمام الى العراق وغيرها من الإرهصات التي لحقت بها، نجد الشهيد مطهري نشطاً وبشكل كبير في الدعوة الى قائد الثورة وتبني أفكاره، والتصدي لمواجهة الشبهات التي كانت تطرح من قبل العديد من المنافقين لتشويه صورة الإمام، ولإثبات إسلامية الثورة وصفاءها العقائدي. وقد خاض الشهيد بسبب ذلك حرباً شعواء مع التيار الماركسي الذي كان يريد أن يركب موجة الثورة، وتحوير مبادئها واعتماد سياسة الانفجار "لا قيمة لثورة تعني انفجار، ولو قطع الماء والعشب عن الخراف، فإنها تبعبع.".     

ولكن نتيجة هذه المواجهة كلفت الشهيد حياته، حيث قضى بعد انتصار الثورة في٢/٥/١٩٧٩ على أيدي المنافقين الذين أطلقوا عليه النار حين رجوعه الى منزله، فالسلام عليه يوم ولد ويوم مات ويوم يبعث حيا.

وقد قال عنه الامام الخميني :"وإني وإن خسرت ابناً عزيزاً كان كبضعة مني، ولكني أفتخر؛ بأنه كان وسيكون في الإسلام وسيكون مثله".

"إن مطهري كان ابنا عزيزاً لي وسنداً قوياً للحوزات الدينية والعلمية، وكان خادماً نافعاً للشعب والوطن. فرحمه الله، وأسكنه إلى جوار خدمة الإسلام العظام".

يقول السيد القائد بخصوص الإطلاع على فكر الشهيد مطهري "على العلماء والفضلاء والشباب -خصوصًا طلبتنا الشباب - أن يكونوا قد قرأوا دورة كاملة من كتب الشهيد مطهري، حتى تكون أعمالهم إذا أرادوا العمل من قبيل «من بنى فوق بناء السلف»، أي أن يرتكزوا على أساس ذلك الفكر وعلى ما بناه الشهيد مطهري ليفتحوا قممًا أعلى إن شاء الله ويرفعوا راية الفكر الإسلامي هناك".

مؤلفاته: نذكر منها ما يلي :

1- شرح نهج البلاغة.

2- قصص الصالحين.

3- مقدمة على أصول الفلسفة للعلامة الطباطبائي.

4- الحركات الإسلامية.

5-نظام حقوق المرأة في الإسلام.

6- أسباب التوجه للمادية.

7- الإنسان والمصير.

8- نقد على الماركسية.

9- العدل الإلهي.

10- الحركة والزمن.

11- دروس الشفاء.

12- مقدمة على الرؤية الإسلامية الشاملة للعالم.

13- الإسلام ومقتضيات الزمان.

14- الإمامة والزعامة.

15- الجهاد.

16- جولة في السيرة النبوية.

17- الحماسة الحسينية.

18- النهضة وثورة المهدي(عج).

19- الخدمات المتقابلة بين الإسلام وإيران.

20- فلسفة الأخلاق.

21- التعليم والتربية في الإسلام.

22- حول الثورة الإسلامية.

23- حول الجمهورية الإسلامية.

24- فلسفة التاريخ.

25- قضية الحجاب.